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Después de saber su pasado oscuro y su concepción poco natural en el final de Hitman: Codename 47, 47 se refugia en un monasterio de Sicilia. Intentando poner atrás su cruel pasado, comienza una nueva vida como un simple jardinero de iglesia.

Desafortunadamente, 47 tiene que retirarse de su "examen de conciencia", cuando su anfitrión y amigo, el Padre Vittorio, es secuestrado por la Mafia. Desesperado por encontrar a su amigo, 47 contacta a la agencia que solía emplearlo, pidiendo ayuda. Ellos usan satélites espías para rastrear a Vittorio a la fortificada mansión del profesor universitario Giuseppe Giulliani. Luego, 47 se infiltra en la mansión en una intento de rescatar a Vittorio, matando a Giulliani en el proceso. Sin embargo, el Agente 47, para resolver el secuestro de Vittorio, solo cuenta con una única pista: que los secuestradores son "cuatro rusos barbados con clase en su uniforme".

La Agencia solicita un trabajo a cambio. 47 realiza otra vez asesinatos por el dinero, al principio para financiar la búsqueda del Padre Vittorio, pero finalmente es solo porque ha regresado a sus viejos hábitos. Los lugares visitados incluyen India, Japón, Nuristan, las Torres Petronas, Sicilia y San Petersburgo.